В 1949 году, через два года после победы над Годзиллой, бывший пилот-камикадзе Коити женат на Норико, которая чудом выжила при атаке на Токио, и они вместе воспитывают сиротку Акико как собственную дочь. Но вот Коити снова приходится сесть за штурвал самолета: город Мацумото атакует доселе неизвестный летающий монстр, похожий на дракона, и команда доктора Ноды пытается придумать, как его победить.